Evangelischer Glaube hat in Baiersdorf eine lange Tradition. Bereits 1525 hatte der Rat der Stadt den ehemaligen Mönch Thomas Beck als Geistlichen angestellt bevor Baiersdorf 1528 dann offiziell lutherisch wurde. 30 Jahre später, 1558, wurde das Dekanat Baiersdorf gegründet.
Eine wichtige Persönlichkeit der Baiersdorfer Kirchengeschichte ist Heinrich Arnold Stockfleth, der von 1669 bis 1679 als Pfarrer und Dekan in Baiersdorf wirkte und maßgeblich die Wiederherstellung der nach dem 30-jährigen Krieg zerstörten Kirche voranbrachte.